Mikrofilmowanie zabezpieczające zbiorów rękopiśmiennych zapoczątkowała Biblioteka Narodowa w latach 70-tych ubiegłego wieku. Efektem tych prac są kopie mikrofilmowe ponad 4760 jednostek przechowywanych w zbiorach Biblioteki Naukowej PAU i PAN w Krakowie i Biblioteki Narodowej. Przewodnikiem po tych zbiorach jest Katalog mikrofilmów. Rękopisy Biblioteki PAN w Krakowie, cz. 1, oprac. J. Dużyk, B. Schnaydrowa, J. Staszel, Warszawa 1976 oraz cz. 2, oprac. J. Dużyk, J. Kręcina, Warszawa 1995. Od połowy lat 90-tych XX wieku Biblioteka mikrofilmuje zbiory rękopiśmienne we własnej Pracowni Reprograficznej. Obecnie Biblioteka posiada kopie mikrofilmowe najstarszej części zasobów rękopiśmiennych oraz najpopularniejszych kolekcji odpisów materiałów rękopiśmiennych dotyczących Polski, zebranych w Tekach Pawińskiego, Tekach Rzymskich, Tekach Zielińskiego i innych. Dzięki prowadzonym systematycznie pracom nad zmikrofilmowaniem całej kolekcji rękopisów aktualnie dostępne są mikrofilmowe kopie rękopisów sygn. 1-6042 oraz sygn. 7781-8225 (Teki Zielińskiego), 8318-8356 (Teki Pawińskiego), 8357-8564 (Teki Rzymskie). Biblioteka dysponuje także kompletem mikrofilmów z akt stanów Prus Królewskich. Obecnie zbiór ten zawiera 2 739 mikrofilmów pozytywowych i 624 mikrofilmów negatywowych.