W Bibliotece znajduje się obecnie ponad 17 000 dzieł wydanych w XV-XVIII w. Większość z nich pochodzi z darów uczonych i kolekcjonerów. Są to m.in. zbiory Jana Wincentego Smoniewskiego, Juliana Bayera, Floriana Sawiczewskiego, Cypriana Walewskiego, Maksymiliana Marszałkowicza. Dzięki takiej proweniencji do biblioteki trafiły cenne, niejednokrotnie wręcz unikatowe egzemplarze starych druków z polskich i zagranicznych oficyn.

Większość z nich stanowią dzieła naukowe z zakresu nauk humanistycznych i matematyczno-przyrodniczych. Uzupełnia je bogata kolekcja książek o sztuce: traktatów architektonicznych, biografii artystycznych oraz dzieł z zakresu XVIII-wiecznego starożytnictwa i prahistorii sztuki. Prócz tego w kolekcji Biblioteki poczesne miejsce zajmują dzieła teologiczne, liturgiczne i dewocyjne. Interesujące są też zbiory konstytucji sejmowych z XVI-XVIII w., druków urzędowych i ulotnych, w tym unikatowa kolekcja XVIII-wiecznych polskich polemik politycznych stanowiąca źródło do badań ostatnich lat Rzeczypospolitej. Na uwagę zasługuje niewielki, ale ciekawy zespół druków zawiązanych z odsieczą wiedeńską, liczne staropolskie mowy pogrzebowe i kazania żałobne, a także kolekcja scandinavianów przekazanych Bibliotece przez sztokholmskiego antykwariusza Henryka Bukowskiego obejmująca dzieła z zakresu historii i kultury Półwyspu Skandynawskiego.

Perłą kolekcji Biblioteki jest zbiór 155 inkunabułów, które szczegółowo opisano w wydanym w 2015 r. katalogu. W większości pochodzą one z biblioteki krakowskiego klasztoru kanoników regularnych i z tego powodu przeważają wśród nich dzieła o tematyce teologicznej, filozoficznej i religijnej.