Zbiór rękopisów Biblioteki Naukowej PAU i PAN w Krakowie liczy obecnie  ponad 15 863 jednostek rękopiśmiennych (stan na koniec 2016). Gromadzony jest od r. 1856, tj. od momentu usamodzielnienia się Towarzystwa Naukowego Krakowskiego od Uniwersytetu Jagiellońskiego. Zbiór tworzą głównie dary członków Towarzystwa Naukowego Krakowskiego i Akademii Umiejętności (od 1918 r. Polskiej Akademii Umiejętności) oraz licznych prywatnych ofiarodawców ze wszystkich trzech zaborów i z emigracji. Systematycznie uzupełniany też był na drodze zakupów antykwarycznych. 

Zbiór zapoczątkowały kolekcje rękopisów, których twórcami byli: Jan Wincenty Smoniewski, Cyprian Walewski, Antoni Julian Schneider, Ambroży Grabowski, Bolesław Ulanowski, Jan Ambroży Wadowski, Hieronim Łopaciński, Franciszek Wolański czy rodzina Popielów z Czapli Wielkich. Od połowy XIX w. obficie napływały do Biblioteki spuścizny uczonych, literatów, polityków, artystów, a także archiwalia rodzinne i rodowe. Z większych nabytków wymienić należy spuścizny: Joachima Lelewela, Jana Chrzciciela Albertrandy, Jerzego Samuela Bandtkie, Teofila Lenartowicza, Antoniego Zygmunta Helcla, Józefa Majera, Oskara Kolberga, Kazimierza Girtlera, Józefa Hieronima Retingera, Jana Fijałka, Zygmunta Lasockiego, Bronisława Piłsudskiego, Jana Łosia oraz archiwa rodzinne: Chodkiewiczów, Koźmianów, Ogińskich, Potockich, Pusłowskich, Rzewuskich. Ważne miejsce w zbiorach rękopisów zajmują odpisy materiałów dotyczących Polski z archiwów i bibliotek zagranicznych oraz krajowych, sporządzane z inicjatywy AU na przełomie XIX i XX w. Nieocenioną wartość mają odpisy z nieistniejących już dziś rękopisów m.in. akta sejmikowe ziemi liwskiej, nurskiej, rożańskiej, dobrzyńskiej i innych zgromadzone w tzw. Tekach Pawińskiego, materiały dotyczące powstań listopadowego i styczniowego oraz dziejów Księstwa Warszawskiego zebrane w Tekach Staszewskiego, materiały dotyczące działalności Stronnictwa Narodowego zgromadzone w Tekach Zielińskiego, a także ogromny dorobek Ekspedycji Rzymskich AU/PAU zebrany w tzw. Tekach Rzymskich.

Najnowsze nabytki stanowią spuścizny: Wawrzyńca Dayczaka i Marii Dayczak-Domanasiewicz, Leszka Dutki, Jerzego Gota, Jerzego Świecimskiego, archiwum rodziny Żulińskich, przekazane przez Annę Żulińską-Dutka oraz kolekcja filatelistyczna z okresu stanu wojennego, ofiarowana przez Bożenę Wyrozumską.

Osobny zbiór stanowią dyplomy pergaminowe i papierowe, pochodzące od wielu darczyńców, poczynając od daru Bogumiła Gebhardta z 1859 r. Wyodrębniony przez Jana Czubka w latach 1906-1912 w trakcie opracowywania katalogu drukowanego zbiór dyplomów liczył 330 jednostek. Potem został uzupełniony m.in. darami Franciszka Ksawerego Wolańskiego, Jana Ambrożego Wadowskiego, Jana Fijałka. Obecnie liczy 627 jednostek.